DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响     

李龙召  黄平平  徐奎栋  赵峰 《海洋科学》2022,46(7):52-60

环境DNA（eDNA）技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA（eRNA）可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括：1）样本量不同;2）RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区两个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较四种DNA/RNA提取方法：DNA直接提取（0.9g沉积物）,大样本量DNA直接提取（2g）,DNA洗脱法（2g）,RNA直接提取法（2g）;以及三种RNA提取后的处理方法：无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量（2g）DNA直接提取法所检获的可操作分类单元（OTUs）约为小样本量（0.9g）的两倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。  相似文献   

利用高通量测序技术分析鱼菜共生池塘的真菌多样性和群落结构     

孟玮  高攀  翟旭亮  胡建勇  杨天燕  李晓东  时春明 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2021,(3)

本文采集了位于新疆水生野生动物救护中心和乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地的鱼菜共生池塘水样及水培空心菜根系,基于Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对上述样本的宏基因组ITS基因序列进行了测定和分析。在6份样品(4份水体样品、2份根系样品)中,共检测到78348条平均长度为256 bp的有效序列,这些真菌包括了6个门、25个纲和72个目。不同地点、不同样品类型间的真菌微生物群落存在明显差异,隶属于子囊菌门(Ascomycota)锤舌菌纲(Leotiomycetes)白粉菌目(Erysiphales)白粉菌科(Erysiphaceae)的菌群为根系样品所特有。乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘的空心菜根系真菌的Alpha多样性指数均最高,相应的对照池塘真菌多样性组成则最低。Beta多样性指数表明,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地水样和新疆水生野生动物救护中心空心菜根系真菌组成差异最大。从蔬菜长势情况来看,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘明显好于新疆水生野生动物救护中心,推测其原因为:前者水体中真菌种类和数量较多,特有菌类(如石黄衣、酵母菌)能够改善水质、提供动植物生长繁殖的养分。  相似文献   

东海原甲藻核酸和蛋白对环境中氮磷浓度变化的响应     

刘云  宋秀贤  曹西华  袁涌铨  俞志明 《海洋学报》2012,34(2):153-161

通过设定不同的氮(N)、磷(P)浓度一次性培养东海原甲藻,研究了该藻的生长状况及不同生长阶段单位细胞DNA,RNA及蛋白质含量的变化,结果表明,不同氮磷浓度对东海原甲藻的生长产生显著影响,最终生物量与初始的氮磷浓度呈正相关,不同培养组的最大生长率存在显著差异(P<0.05);DNA含量与培养液中氮浓度相关性极显著(P<0.01),但与磷浓度相关性不显著(P>0.05);RNA含量与氮磷浓度均呈极显著相关(P<0.01),而且在不同的生长阶段其含量也会发生变化,随着培养时间的延长,各培养组的RNA含量显著下降(P<0.05);RNA/DNA比值与氮磷浓度均显著相关(P<0.05),而且与生长率呈线性相关关系。培养液中氮浓度显著影响到东海原甲藻单位细胞总蛋白含量,磷缺乏也会使总蛋白含量显著降低。  相似文献   

宁波沿海陆源排污口假单胞菌属(Pseudomonas)分布特点   总被引：2，自引：2，他引：0  

陈丽萍  侯付景  张迪骏  何伟娜  周君  张春丹  童茜茜  王中华  李太武  苏秀榕 《海洋与湖沼》2013,44(4):926-930

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析, 得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明, 宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属。在检出的假单胞菌属中, 维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)的含量相对较多, 分别占56.72%、13.904%; 排污口中假单胞菌属的数量存在季节性差异, 3月份、5月份假单胞菌的数量相对较多, 8月份和10月份较少, 推测与季节性温度变化有关; 假单胞菌属的含量与排污口的主要污染物有关, 氨氮含量较高的排污口假单胞菌属的含量更高。  相似文献   

Nutritional condition of fish larvae in South African estuaries: an appraisal of three biochemical methods     

《African Journal of Marine Science》2013,35(3):377-386

Estuaries are exposed to a number of threats and many South African estuarine systems are functionally and structurally altered. The extent to which fish are affected by these alterations is not fully understood. The estuarine round herring Gilchristella aestuaria is an appropriate species to use when examining such effects. The most widely used approaches to evaluating the nutritional condition of fish larvae are based on biochemical methods. In order to identify the most suitable technique for assessing body condition of fish larvae in estuaries, the nutritional condition of post-flexion larvae of G. aestuaria from the Sundays and Kariega estuaries on the south-east coast of South Africa was evaluated using three different biochemical techniques: (i) total lipid content analysis and the triacylglycerol/cholesterol (TAG/CHOL) ratio; (ii) protein content analysis; and (iii) the RNA/DNA ratio. Results from techniques (ii) and (iii) revealed that G. aestuaria larvae from the Kariega Estuary were in better condition than larvae from the Sundays Estuary, probably due to a recent plankton bloom. It is concluded that the individual RNA/DNA ratio can provide a reliable, sensitive and cost-effective method to assess the immediate effects of environmental changes on the nutritional condition of estuarine fish larvae.  相似文献   

岩溶区与非岩溶区3种土地利用方式下土壤细菌群落结构比较   总被引：1，自引：1，他引：0  

张双双  靳振江  贾远航  李强 《中国岩溶》2019,38(2):164-172

为研究岩溶区土壤微生物的特性,揭示其在岩溶土壤碳循环的作用,选取桂林毛村岩溶试验场为研究点,采集岩溶区、混合区与非岩溶区中的稻田、玉米和柑橘园表层土壤,采用高通量测序方法,对比细菌群落丰度、组成及多样性特征的异同。结果显示,在得到的48 159条序列中,共有2 602个OTUs。土壤细菌优势门（相对丰度>10%）为变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）;优势纲（相对丰度>10%）为酸杆菌纲（Acidobacteria）和β-变形菌纲（β-proteobateria）。岩溶区土壤细菌门水平上的变形菌门和Latescibacteria的细菌和目水平上的酸杆菌亚群GP6的丰度均高于混合区和非岩溶区,而科水平上酸杆菌亚群GP1和目水平上的酸杆菌亚群GP2的相对丰度低于混合区和非岩溶区。冗余分析结果表明,土壤有机碳、pH和总氮等是引起细菌群落结构变化的关键因子。   相似文献   

福建漳浦凡纳滨对虾海水养殖中后期水体细菌群落多样性分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

胡东  王丽萍  赵苒  邵宗泽 《海洋学报》2017,39(8):89-98

为分析凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）海水养殖过程中水体细菌群落多样性变化,本研究采用Illumina测序技术对福建漳浦县凡纳滨对虾海水养殖中后期水体样品进行16S rRNA基因高通量测序,同时进行水质参数测定。结果表明,养殖过程中,氨氮（NH₄+-N）、化学需氧量（COD）值波动较大,其他水质参数值波动较小。检测到的细菌种群归属于19个门、35个纲、80个目、135个科、254个属,说明该养殖水体中细菌群落具有高度的多样性。变形菌门和拟杆菌门是养殖期间主要优势类群,不同养殖时期细菌组成存在一定的波动,但没有明显的变化规律。蓝细菌在第67天、115天表现出高丰度,且其丰度在养殖期间变化较大（比例变化为0.7%~63.9%）。此外,益生菌和潜在致病菌丰度在养殖期间很低。冗余分析（Redundancy analysis,RDA）表明,对细菌群落影响最大的水质因子是化学需氧量与硝酸盐浓度比值（COD/NO₃-）和COD;降低溶氧可以增加细菌丰富度。总之,本研究初步揭示了对虾养殖中后期水体微生物的演替规律,发现水质因子对养殖水体微生物组成具有显著影响,研究结果为凡纳滨对虾健康养殖提供一定的参考意义。  相似文献   

烃降解菌假交替单胞菌N289的全基因组序列及其进化关系     

刘芳明  王以斌  曲长风  郑洲  缪锦来  许华  肖天 《海洋学报(英文版)》2017,36(2):88-93

假交替单胞菌属归属于交替假单胞菌科。交替假单胞菌N289菌株分离自南极海冰,我们通过二代测序技术获得了其全基因组序列,组装后获得2条染色体和1条质粒,大小分别是3.2M、636kb和1.8kb。全基因组共包含3,589个ORF,GC含量为40.83%。基因功能分析表明,该菌酶活性高,具有很强的环境适应性。这项研究有助于了解生物多样性、该菌株的进化地位和微生物相互作用关系。  相似文献   

基于三种分子标记的外伶仃岛石珊瑚系统进化关系研究     

肖宝华  廖宝林  杨小东  谢子强 《海洋科学》2017,41(9):1-8

以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。  相似文献   

Production and transport of long-chain alkenones and alkyl alkenoates in a sea water column in the northwestern Pacific off central Japan     

Ken Sawada  Nobuhiko Handa  Takeshi Nakatsuka 《Marine Chemistry》1998,59(3-4)

Sinking particles collected from year-long time-series sediment traps at 1674, 4180, 5687 and 8688 m depths, the underlying bottom sediment at 9200 m depth, and suspended particles from surface and subsurface waters in the northwestern North Pacific off Japan were analyzed for long-chain alkenones and alkyl alkenoates (A&A) which are derived mainly from Gephyrocapsacean algae, especially Emiliania huxleyi and Gephyrocapsa oceanica. Alkenone temperature records in sediment trap samples at 1674 m were almost similar to observed sea surface temperatures (SST) with a time delay of one half to one full month. However, alkenone temperatures in trap samples were about slightly lower than measured SST in late spring to early fall. The lowering might be caused by formation of the seasonal thermocline. Nevertheless, these temperature drops observed in trap samples were smaller than those actually observed in a subsurface layer off central Japan. Vertical profiles of A&A concentrations and alkenone temperatures in suspended particles collected from the subsurface waters in early fall indicated that these compounds were produced mostly in a surface mixed layer above the depth of the chlorophyll maximum even in warm seasons. These results suggested that alkenone temperatures strongly reflected SST rather than the temperatures of thermocline waters in these study areas even in such a warm season. Pronounced maxima in A&A fluxes found in sediment trap samples at 1674 m in late spring to summer showed that A&A productions were highest during the periods of spring bloom, according to a time delay between alkenone temperatures and observed SST. Seasonal patterns of alkenone records in trap samples at 4180 and 5687 m could also preserve SST signals well, suggesting that A&A in deep sea waters were mainly derived from primary products in the surface layer. A&A fluxes tended to decrease with water depth, and the ratios of A&A to particulate organic carbon (POC) rapidly decreased in underlying bottom sediment. This clearly indicates that A&A were decomposed and diluted by other refractory organic materials in either the water column or the sediment–water interface. However, A&A compositions were consistently uniform between the trap samples and the underlying bottom sediments, so that A&A could not qualitatively alter during early diagenetic processes.  相似文献